ヘルパンギーナの発生数は、定点（発生動向調査用に選ばれた医療機関のこと）当たりの報告数として毎週報告されているため、この資料より発生の季節変動をみることができます。

下図に近年10年間における発生数の季節変動を示しました。縦軸は定点当たりの報告数、横軸発生月です。ヘルパンギーナの発生は、各年度により大きく異なり、1999〜2001年の3年間はピーク時の報告数が例年に比べて高かったことが認められます。

ヘルパンギーナは、気温が15℃以上になると流行し始めることが報告されています。発生数をみてみると、いずれの年度も同じ傾向を示しており、5月頃より増加し始め、6〜7月にかけてピークを示し、8月に減少し始め、10月にはほとんどみられなくなっています。

ヘルパンギーナの原因ウイルスであるエンテロウイルスは、湿度の高い環境に適したウイルスです。6〜7月は梅雨の季節であり、最も湿度の高い季節でもあります。したがって、6〜7月にかけてピークを示すのはこのためだと考えられます。

我が国におけるヘルパンギーナの流行は、例年、西日本から東日本へと推移する傾向にあります。これは東日本に比べて西日本が暖かいためです。また、ヘルパンギーナを発症する年齢は大部分が4歳以下であることが認められています。