ヘルパンギーナの原因ウイルスであるエンテロウイルスは、主な症状から回復した後も長期間（2〜4週間）にわたって便から排泄されます。また、ウイルスが身体に入っても無症状のこともあります。エンテロウイルスは手を介してほかの食器や食物にウイルスが移ることで感染していきます。症状の現れた罹患者に近づかなくても罹患することがあります。

したがって、エンテロウイルスの感染予防のためには、季節が暖かくなってきたらよく手を洗うことを習慣付けることが最も重要なことです。ただし、エンテロウイルスはアルコール消毒には抵抗性が強いとされていますので、便その他の排泄物を扱う場合には、ゴム手袋を着用するなどして経口感染することを極力防ぐことが大切です。