手足口病の発生は、定点（発生動向調査用に選ばれた医療機関のこと）当たりの報告数として毎週報告されているため、この資料より発生の季節変動をみることができます。

下図に近年10年間における発生数の季節変動を示しました。縦軸は定点当たりの報告数、横軸は発生月です。手足口病の発生は、各年度により大きく異なり、1995年、2000年には例年に比べて大きな流行が認められました。しかしその発生数は、いずれの年度も同じ傾向を示しており、5月頃より増加し始め、6〜7月にかけてピークを示し、8月には減少し始めますが秋にもわずかに流行が続いています。

手足口病は、気温が15℃以上になると流行し始めることが報告されていますが、平均気温が15℃以上になる5月から発生が増加し始めることと合致しています。

手足口病の主な原因ウイルスであるエンテロウイルスは、湿度の高い環境に適したウイルスです。6〜7月は梅雨の季節であり、最も湿度の高い季節でもあります。6〜7月にかけてピークを示すのはこのためだと考えられます。