手足口病の主な原因ウイルスであるエンテロウイルスは、主症状から回復した後も長期間（2〜4週間）にわたって便から排泄されます。また、ウイルスが身体に入っても無症状のこともあります。

エンテロウイルスは、手を介してほかの食器や食物にウイルスが移ることで感染していきます。したがって、エンテロウイルスの感染予防のためには、季節が暖かくなってきたらよく手を洗うことを習慣付けることが最も重要なことです。エンテロウイルスはアルコール消毒には抵抗性が強いとされていますので、便その他の排泄物を扱う場合には、ゴム手袋を着用するなどして、経口感染することを極力防ぐことが大切です。

手足口病に罹患してしまったら、口腔内の発疹のため飲食物の摂取ができにくくなり、脱水症状を示すこともあります。水分摂取が不足しないように注意することが大切です。薄いお茶類やスポ−ツ飲料などを摂取するのが適切です。

水痘は発疹が全身に認められること、ヘルパンギーナは口腔内にのみ発疹が認められることから、手足口病との鑑別が可能です。