A型ウイルスは、ヒト以外にもブタやトリなどに広く存在しています。A型ウイルスの特徴は、数年から数十年単位で抗原構造の異なった亜型が突然出現することです。これを不連続変異といいます。不連続変異が起こると、ほとんどの人がウイルスに対する免疫を持たないため、インフルエンザが大流行することになります。

また、同一の亜型内でわずかに抗原構造が変化します。これを連続変異といっています。A型ウイルスは連続変異が絶えず起こっているため、大流行とはならないまでもインフルエンザが毎年のように流行することになります。

ここ数十年間、日本全体ではA/H3N2（香港）型、A/H1N1（ソ連）型ウイルスなどの複数のインフルエンザA型ウイルス株が検出されており、地域によっては同時に複数の株が検出されています。しかし、いつ新しい亜型が出現してもおかしくない状況にあるといわれています。

B型ウイルスは不連続変異を起こしませんが連続変異を起こし、A型と同様に流行を起こします。C型ウイルスはヒトに感染しますが、大きな流行は起こさないとされています。